Ouverte en 1864 sur le site actuel, l’école Saint-Charles appartient alors à l’ordre des Dominicains au travers de la société civile Saint Thomas d’Aquin.
En 1883, face à un déficit de 50 000 francs, les Dominicains se voient contraints de vendre l’école et les bâtiments à l’État.
Pour éviter la disparition de l’établissement scolaire, un mécène Achille Latimier du Clésieux et l’évêché décident de se porter acquéreurs.
Le 6 juillet 1883, est créée la Société Anonyme École Saint-Charles au capital de 370 000 francs répartis en 740 actions de 500 francs. La S.A. devient propriétaire et gestionnaire de l’établissement d’enseignement.
Suite à la manifestation de 1984 pour défendre l’école libre, la S.A. craint une nationalisation de l'Enseignement Catholique. Par précaution, le 1 er septembre 1985, elle confie la gestion de l’école Saint-Charles à la SARL SOGEC. Le 31 août 1988, la SARL SOGEC est dissoute et l’OGEC est créé le 1er septembre 1988 comme pour les autres établissements catholiques.
La S.A. reste propriétaire des murs et cède la gestion de l’école à un Organisme de Gestion de l’Ecole Catholique (OGEC) qui signe un bail avec la S.A.
Les statuts de la S.A. perdurent encore aujourd’hui.
L’assemblée générale extraordinaire du 22 février 2001 a porté le capital social de la S.A. à 39 168 € répartis en 1278 actions de 31 €.
172 actionnaires se répartissent l’ensemble des actions.